A differenza degli altri laghi che si trovano sull'Appennino Tosco-Emiliano (come il Lago Nero e il Lago Piatto), il Lago Scaffaiolo non è di derivazione glaciale: la sua origine è dovuta all'azione dei venti e del conseguente spostamento delle nevi. Il nome, infatti, sembra poter derivare da un termine longobardo "scaffa" che starebbe a indicare una sorta di avvallamento del terreno.
Di modeste dimensioni, lo specchio d'acqua è come incastonato tra il verde delle montagne circostanti, al confine tra la Toscana e l'Emilia Romagna. Sulle sue sponde è nato il primo rifugio dell'Appennino Settentrionale, presso il quale hanno soggiornato illustri artisti e scrittori di sempre.
Nel lago non sono presenti pesci di alcun tipo; si trovano soltanto girini e pochissime forme di alghe che vivono in superficie. A conferma di ciò, scrive il Boccaccio:
« Scaffaggiuolo, lago picciolo è nell'Appennino, il quale fra la regione di Pistoia e Modena s'inalza, e più per miracolo che per la copia dell'acqua memorabile, perocché, come dànno testimonianza tutti gli abitatori, se alcuno da per sé, ovvero per sorte, sarà che getti una pietra o altro in quello, che l'acqua muova, subitamente l'aere s'astringe in nebbia e nasce di venti tale fierezza che le querce fortissime e li vecchi faggi vicini o si spezzano o si sbarbano dalle radici »
Secondo alcune leggende popolari, infatti, il lago sarebbe "direttamente" collegato al mare attraverso dei vortici d'acqua, responsabili della morte di numerosi avventurieri.
Sul fondale sono state rinvenute alcune monete del periodo romano che non hanno fatto altro che aumentare l'atmosfera misteriosa del territorio.
